Psykoanalyyttisessa psykoterapiassa hoidon perusta on terapeutin ja potilaan välisessä luottamuksellisessa vuorovaikutuksessa, sen tutkimisessa ja syventämisessä. Tässä yhteistyössä potilas tuo tutkittavaksi oman elämänsä eri puolia, etenkin sen kipupisteitä.

Ajankohtaisten ongelmien ohella potilaan nykyhetki toistaa kuormittavia, useimmiten vähemmän tiedostettuja tapahtumia, joiden juuret ovat menneisyydessä. Näitä, sekä ylipäänsä omaa sisäistä maailmaa - sen tunteita, toiminta- ja ajatusmalleja - potilasta autetaan tutkimaan ja ymmärtämään. Tähän tarvitaan yleensä perusteellista, riittävän pitkää terapeuttista ja kiireetöntä vuorovaikutusta, jotta potilas voisi kokemuksellisesti sisäistää uudenlaista kokemusta itsestään.

Psykoanalyyttisessa terapiassa pyritään korjaamaan puutteellisia psyykkisiä rakenteita. Usein on havaittavissa, että potilaan henkilöhistoriassa - lapsena vauvaiästä alkaen tai nuorena - on ollut tapahtumia tai kokemuksia, jotka psyykkisessä vaativuudessaan ovat olleet ylikuormittavia ja pysäyttäneet joltakin persoonallisuuden alueelta kehitystä. Potilas saattaa myös tietämättään kantaa mielessään aikaisempien sukupolvien ratkaisemattomia ja vaiettuja taakkoja.

Hoitoa suunniteltaessa kartoitetaan elämäntilannetta ja perhetilanne ja tarvittaessa järjestetään tapaaminen läheisten, kuten puolison kanssa, jotta potilas saisi riittävän tuen lähi-ihmisiltään terapiaansa, koska terapian vaikutukset ulottuvat myös läheisiin ihmisiin.

Psykoterapeuttisen hoidon sisältöön vaikuttaa potilaan persoonallisuus, psyykkisen häiriön vakavuus ja pitkäaikaisuus. Jokapäiväinen elämä sinällään tuo väistämättä jokaiselle meistä vaikeuksia ja kärsimyksiä, joita terapiassa kohdataan ja työskennellään. Terapiasuhteen kahdenkeskisyys ja vastavuoroisuus mahdollistavat potilaalle hänen sisäisen ja ulkoisen todellisuutensa, kokemusmaailmansa ainutkertaisen kohtaamisen.

Persoonallisuuden rakenteet muuttuvat hitaasti, joten terapian on oltava riittävän tiivistä, yleensä 1-3 käyntiä viikossa ja kestää useita vuosia. Terapia soveltuu masennuksen, ahdistushäiriöiden, psykosomaattisten ja psykoottisten häiriöiden hoitoon ja kuntoutukseen.